Para que un transistor este en corte (abierto), la caída de tensión entre colector y base debe ser menor a 0.6V, y su polaridad depende si es npn o pnp. Por eso cuando conectas ese arreglo a a 12V y en EN colocas a 5V el transistor no entra en la zona de corte sino en saturación.
Una forma de solucionarlo que se me ocurre sería:
(http://img9.imageshack.us/img9/7627/ejemplop.jpg)
Donde el transistor Q3 no necesita ser de potencia. Para que enciendan los leds, EN y EN1 deben estar a 5V. Y sino sacar Q1 del arreglo original y controlar el encendido solo con Q2.