Hola jezus:
Estas pasando en la función setup_adc_ports que RA0 y RA1 se configuren como entradas analógicas y RA3 como referencias del CAD.
Pero por lo que veo en el dataheet del micro es imposible hacer que RA0 sea analógico, RA1 y RA2 sea digital y RA3 sea la referencia, fíjate en el datasheet en el punto 17, en el registro ADCON1 que es el que configura el puerto ADC en los bits del 0 al 3.
Un saludete y espero que te sirva :)