.
¿Qué tal? No estoy seguro de cómo sea la configuración "física" de tu aparato, pero te aconsejaría que uses una disposición en la cual tanto emisor como receptor estén quietos. Por ejemplo:
(http://www.arrickrobotics.com/arobot/encoder.jpg) (http://1.bp.blogspot.com/_4W_JRbA-QYc/SGkBDmxv3QI/AAAAAAAACt8/t4oDhTlo9o4/s320/robotdibujante08.jpg)
(http://img695.imageshack.us/img695/9969/encdisks.gif)
Se encuentran fácil en la web tanto los circuitos que acompañan a estos sensores como la forma de leerlos con un MCU, buscando por la palabra "encoder".
Saludos.