Cuando tu compilas (desde cualquier IDE) en realidad estás llamando al archivo ccsc.exe y el IDE le está pasando una serie de parametros aparte del archivo con el código fuente, estos parametros tienen que ver con lo que tu mencionas, tipo de compilación, tipos de archivos a generar, etc.
en la ayuda del ccsc, aparecen la lista de parametros para configurar/personalizar la compilación,
(http://www.todopic.com.ar/foros/imgtiny/2zpv9km.jpg)