No entiendo cual es tu propósito de realizar eso...
Obviamente que depende de la frecuencia a que te manejes, pero 11 a 16 ciclos para salvar el contexto e ir a la interupcion no veo cual es el problema.
Si estas tan jugado por esos ciclos en el tiempo, considero que deberias estar buscando mas frecuencia.
¿Qué precisión quieres conseguir?
Que tal uno de estos con un divisor de frecuencia?
https://www.tme.eu/es/details/i547-2p3-40.0000m/generadores-de-cuarzo-smd/ilsi/i547-2p3-400000-mhz/
Tengo entendido que si divido entre 2 la frecuencia, mejora en igual cantidad la precisión y la estabilidad.
Para esta aplicación yo no me fiaría mucho del Proteus. Para empezar no está mal, pero los errores los verás de verdad en el pic de verdad.
Luego hay trucos de programa para conseguir buena precisión:
* Mide el tiempo que pasa (ciclos de reloj) entre varios pulsos de señal. Eso se llama Reciprocal counting y te dará mucha precisión para bajas frecuencias.
* Mide tiempo y pulsos de forma continua (sin resetear a cero entre mediciones) y luego resta una medición de la anterior. Así no tendrás errores sistemáticos y compensas los errores entre mediciones. Eso se llama Continuous Counting.
Saludos.
Si, pero tienes que esperar al flanco del pulso de entrada para leer los contadores.