tengo un circuito bastante complejo donde uso tmr0 y tmr1 de la siguiente manera :
setup_timer_0(RTCC_INTERNAL|RTCC_DIV_1);
// se habilita el timer1 en FREE running con INT solo para contar mas
setup_timer_1(T1_INTERNAL|T1_DIV_BY_1);
y la emulacion de proteus no tiene ningun problema, es mas , cada vez me parece mas fabuloso el proteus este, al menos hasta donde vi.
Suerte.