Buenas, imagino que te refieres a la hora de imprimir el PCB.
Tienes que crearte un proyecto. En el tendras tu esquematico y tu PCB. Ademas tambien crearas un archivo de tipo OUTPUTJOB.
Pues bien, dentro de las posibilidades de este archivo *.outputjob, utiliza la de PCB print.
Si le das doble click, te saldran las capas que deseas imprimir, y en esa misma ventana, tienes que marcar la opcion "HOLES".
Un saludo.