Hola Gustavo
Me parece que no estas entendiendo el circuito, si analizar las compuertas AND que puse, a partir de una sola PWM tenes la cantida de señales PWM que quieras solo con activar la AND que corresponde al momento del disparo. El defasaje es otro tema y no tiene nada que ver el PWM, el defasaje se logra con la convinación adecuada de las 6 señales que van al puente.
En todo caso, explicame mejor a que querés llegar y te ayudo a antenderlo, pero no sigas tirando al aire porque te repito, esto está funcionando y para lo unico que va a servir si seguimos asi, es para confundir a otros.
Saludos