Es raro, ¿y sólo te falla windows con Eagle o también con otros programas?
He mirado mi fichero autoexec.nt y los únicos comandos ejecutables que tiene, entre muchos REM, son estos:
lh %SystemRoot%system32mscdexnt.exe
lh %SystemRoot%system32edir
lh %SystemRoot%system32dosx
Mira a ver qué tiene el tuyo, pero me temo que el problema tuyo no es de Eagle, sino de Windows.