Gracias por las respuestas. Ya lo he solucionado. Entiendo que era un fallo del Isis, el circuito funciona ok en la realidad.
Entre activación de un diaplay a otro de 7-SEG deja un tiempo de espera, el ojo humano no percive el parpadeo entorno a las esperas de 10-20ms.
Suerte!!! 
Si miras el comentario del programa, verás que le había puesto 50 ms de retardo para que se visualice bien en la simulación con mi pc, en el circuito real lo he dejado en 5ms, y va OK
hola q tal pandarojo, de que manera has conectado los display 7 segmentos?
Pues los he conectado sacando lo que quiero visualizar en bcd por el portB y a traves de un 4511 (conversor bcd a 7 segm) a los displays y unos bc547 para activar cada dígito con los pines portb4, 5 y 6. No sé si te referías a esto.
Ahora me propongo activar 6 dígitos con un 4511 y seleccionar cada uno con un 74ls42 (conversor de bcd a decimal), a ver si va ok.
Saludos.