Si no entiendo mal, no entiendo como unas veces te funciona y otras no, de todas maneras si crees que es por el AND y el OR cambia la programación.
Parece que estás usando PBP, no? Agrupa los OR con el AND
If entrada(0)="1" AND entrada(1)="6" then...
PortB.1=1
Elseif entrada(0)="1" AND entrada(2)="6" then...
PortB.1=1
endif
...
Si así sigue sin funcionarte era otra cosa.