Hola pájaro.
Yo antes que Proteus, que tu ya has nombrado, usaba Electronics Workbench.Es algo mas sencillo que Proteus y menos flexible, pero funciona bastante bien.
Puedes generar la Placa y tiene la opción de verla en 3D. No es una maravilla renderizando, pero sirve para hacerte una idea de como quedará la placa.
Saludos.