Hola a todos, pues rescato el tema porque al final he resuelto el problema de una vez por todas, resulta que el problema es que el MPLAB no encuentra las rutas donde se alojan los ficheros del proyecto.
Para solucionar el problema, con el proyecto abierto, nos vamos a la pestaña superior y pulsamos Project > Build options > project
se nos abre una ventana de dialogo y en la primera pestaña la que pone Directories hay un recuadro con un desplegable, pulsamos el desplegable y seleccionamos Include search path, le damos a New y añadimos las rutas de device y drivers del compilador CCS C y listo.