Pues una idea rápida sin pensar mucho:
Primero mira entre que valores analógicos se mueve el potenciometro, dependiendo del angulo que este tenga.
Después, dependiendo de los pulsos por vuelta que sea el motor, envías tantos pulsos como haga falta para poder tenerlo en el mismo angulo.
Esquematicamente sería pasar el angulo del potenciometro a valor analogico, y valor analogico a pulsos necesarios para tener el motor en ese angulo.