No... la flash esta dividida en bloques de 4Kb, podes leer de la misma forma que haces con la EEPROM.
El problema es cuando queres grabar o regrabar. En el cual el minimo es de 4Kb (Cada sector ocupa 4Kb).
En la aplicacion que decis es borrar todo, grabar lo mas que se pueda y luego ir leyendo todo, no tenes que modificar 1 dato. Si tuvieras que modificar un dato sin perder nada de lo demas si o si deberias leer los 4Kb modificar, borrar y grabar. Pero si lo tuyo es grabar y luego leer no hay problema. En el peor caso seguis grabando y vas borrando el ultimo sector de forma ciclica.
Otro tema es la cantidad de veces que podes hacerlo, una flash tiene maximo 100k de operaciones de grabado/borrado. Asi que no son muchas, y tal ves lo que buscas son RAM o una NVRAM.