Bueno, después de toda la tarde comprobando y testeando cosas al final se encontró el fallo.
SE trataba de una conexión defectuosa de uno de los terminales de las conexiones de la electroválvula. Como van embutida, se movía un poco y quedaba derivada a tierra (cuerpo metálico de la electroválvula). Al Apretar el conector había veces que quedaba bien pero en cuanto se movía o quedaba un poco girada se cortocircuitaba a tierra.
Ahora el equipo lleva 3 horas funcionando a pleno rendimiento y en las condiciones optimas y diseñadas.
Muchas gracias por los comentarios y se tendrán en cuenta para el futuro.