Primero que nada para que exista un archivo como comentas, se necesita de un "sistema de archivos".
Hay varios sistemas de archivos, pero los mas famosos en los sistemas de escritorio son:
FAT (este especialmente para todo lo que es diskettes ), NTFS ( Windows ), EXT2/3/4 (Linux), hay mas pero eso son los mas reconocidos. Seguramente tu diskette tenga un sistema de archvos FAT, cada uno funciona de una forma distinta, también hay varias versiones de las mismas, como FAT12 ,16, 32, etc. Pequeña Indtroduccion:
https://es.wikipedia.org/wiki/Tabla_de_asignaci%C3%B3n_de_archivosUn poco mas de detalle:
https://en.wikipedia.org/wiki/Design_of_the_FAT_file_systemCreo que tu pregunta viene por aca, o al menos vas a entender como es que se almacena el archivo. De alli la informacion va a estar toda en bytes. Si requiere alguna conversion entremedio eso ya no lo se. De todas formas considero mas viable si pensas hacer algo, transformar eso en USB, o una tarjeta SD.
Luego al leerlo tenes que interpretar el sistema de archivo, el cual es quien le da un "nombre" a una posición de memoria, define las carpetas, y de allí te dirige a toda la información. Esa información son todos bytes almacenados, los cuales forman tu archivo. Pensalo como en un "indice" de un libro, donde te dice exactamente que temas (archivos) hay en el disco, y en que pagina se encuentran (posición de memoria)
PD: La informacion de un archivo puede estar fragmentada, pero esto hace que tengas un lista unida con punteros hacia el proximo fragmento. Una imagen vale mas que mil palabras, File1 esta todo seguido, File2 esta particionado, pero tiene un indicador que lo lleva a donde debe. Y bueno File3 ocupa un solo cluster

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Esto es solo la parte del programa, luego el disco se encuentra cabeza, cilindros/sector, pistas. Pero no quiero complicarla mas, es grande el tema, e informacion hay bastante. Ejemplo:
http://www.c-jump.com/CIS24/Slides/FAT/lecture.htmlhttp://www.beginningtoseethelight.org/fat16/index.htm