listo! cambie el codigo un poco
void loop()
{
estadoBoton1 = digitalRead(6);
estadoBoton2 = digitalRead(7);
if (estadoBoton1 == LOW)
{
digitalWrite(LedRojo, 1);
numero = numero + 1;
}
else
{
if (estadoBoton2 == LOW)
{
digitalWrite(LedRojo, 1);
numero = numero - 1;
}
else
{
digitalWrite(LedRojo, LOW); // Cuando el Sensor recibe luz infraroja, El led se enciente
}
}así no intenta hacer dos procesos juntos como dices aunque dudo mucho ese punto... despues lei que
Si el pin no está conectado a nada, digitalRead () puede devolver HIGH o LOW (y esto puede cambiar aleatóriamente).
en base a eso cambie un poquito la configuracion en los pines de entrada ya que el arduino se confundia y funciono bien en la simulacion!!
lo único que lamento es que puse las entradas conectadas al vcc mediante las R's pero esa vaina es configurable a gusto

Creo que por mi parte doy por finalizado este tema aunque mañana si puedo voy a volve con el codigo anterior y lo voy a probar para descartar un error de codigo! saludos y gracias tú ayuda me obligo a pensar un poco más y llegar a la respuesta!