Romeo set_rtcc es para que un contador empiece a contar a partir de un determinado número y al desbordarse el TMR, si está activada la interrupción salta a atender la rutina de interrupción. Creo que tú te referirás a enable_interrupts(INT_RTCC) que esto, sí, normalmente se hace en el main ().
badtzdizzy como he comentado antes, si quieres que tanto el TMR0 como el TMR1 empiecen a contar a partir de un determinado número tendrás que precargarlos al entrar en sus respectivas funciones de atención a la interrupción. Por supuesto en el main tendrás que haber habilitado sus correspondientes bits de interrupción y también el GLOBAL.
Un saludo