Hola Mako. Como bien te indican esto es para el ICSP, osea, para programar en circuito, sin necesidad de quitar el micro e insertarlo en el programador.
Por tanto, si no lo vas a usar pues no lo necesitas para nada.
Puedes eliminar esas dos líneas. Si te fijas, en la de Vpp (voltaje de programación) tiene un diodo que es para que no derive tensión hacia la fuente de 5v cuando se está programando. Pues como no lo vas a usar lo puedes omitir.
Ahora, lo que yo haría es colocar un pulsador a masa donde pone Vpp, osea, un reset, que siempre viene bien.
Y las resistencias de los leds las cambiaría por unas de 330.