Hola:
Yo prefiero poner las Library y los Models de cada versión en carpetas separadas, por ejemplo Library65 y Models65 y luego cambio los path en la configuración de Proteus, así si algo no funciona tan solo tengo que cambiar los path para averiguarlo. En una ocasión estuve perdido una semana porque hice lo de sobreescribir y ninguno de los proyectos que tenía con LCD visualizaban nada.
Actualmente tan solo miro qué es lo que cambia de versión en versión y con mucho cuidado lo voy almacenando en librerías y modelos personales (utilizo el Library Manager) y así no hay interferencias ni peligro que en una desinstalación se me borre el trabajo. En fin, hay mil trucos antes que regrabar encima.
Ciao
