Hola , soy Alberto de Buenos Aires , Argentina y es mi primer post aqui.
No se si has resuelto tu problema . Igual te cuento que hago yo :
1- defino los pads de los footprint como bottom layer.
2- Una vez puestos todos los componentes en la placa , coloco pads "free" sobre los de los componentes. Estos pads tien que ser Top layer.
3- Hago el autorouter en dos caras. La presencia de los pads top layer impiden que los track de top layer ruteen sobre los pads de bottom. Eso obliga a Protel a poner si o si vias por fuera de los componentes., con lo cual soldare solo del lado de abajo.
4- Terminado el ruteo , voy y elijo la opcion IS pads and is on top , con lo cual elijo solamente los pads de top layer. Elejidos los suprimo ya que ahora no me sirven mas.
Lista la placa doble cara, con tracks en top layer que no pasan por lo "agujeros" del componente, vias que se pueden unir con alambre y soldado y componentes que solo se sueldan por bottom.
Espero haber sido claro
Saludos