Si estas usando la version freeware tiene ciertas limitaciones que no estan escritas en ningun sitio y que a veces no son muy consistentes. Es decir a veces te deja hacerlo y otras veces no. Si estas conuna version adobada, prueba a descargarte la version freeware y si por tamaño de placa te vale, prueba a ver si asi te funciona.
La ventaja de comprobar el fallo con la version freeware es que si asi tambien falla, puedes poner un email al fabricante y te contesta siempre.
Yo para sacar los fotolitos lo que hago normalmente es, aunque es bastante laborioso, usar el fichero CAM que te exporta como fichero postscript, este fichero lo paso a photoshop y aprovecho para ponerle los logos y demas chorradas que necesite retocar y luego imprimo desde el photoshop con sus marcas de registro y demas.
La mayoria de los usuarios suelen imprimir directamente desde el eagle. Si asi lo haces conviene que imprimas a la mayor resolucion posible, por ejemplo a 300 ppi no es suficiente para cosas muy pequeñas ya que la resolucion no es suficiente. Si tiras con laser vete al minimo de 600ppi y si es con inyeccion de tinta a 1200 ppi y a un papel realmente bueno, ya que al humedecerse con la tinta se deforma. Por supuesto que si te vas a componentes normales enlos que una diferecncia de 0.1mm no es importante, todo sirve.
Si vas a cosas muy detalladas pon en el diseño alguna marca de referencia en los dos ejes que luego te permita medir y comprobar que las dimensiones son correctas.