A ver que eso me suena y quizás sea lo que te está pasando.
Cuando empecé con eagle usaba para unir pines la herramienta Wire Pasa que no es así... al menos así me pasaba eso... no siempre se unian los pines o junctions que iba haciendo.
Debes usar la herramienta Net.
De todos modos, acostúmbrate a usar el "Erc" (Electrical Rule Check). Ahí te indicará estas cosas... linea que no llegan a ningún sitio (o pin vamos) entre otras cosas.
Yo lo que hacía en su día era mover el componente para ver que todo estaba unido. Cuando lo comprobaba pulsas Escape y el componente queda en su sitio de origen.
Pero con Net, es muy raro que pase.
Saludos!!