Jo ¡que poca gente hay por estos lares!
Me voy a contestar a mí mismo, por si os pasa.
Estoy usando Xilinx ISE 9.2, pués bien "aresulta" que si el path, con la carpeta del proyecto al final dispone de espacios en blanco, como por ejemplo: H:\Perico el de los palotes\proyecto pués el Santo (por no decirle otra cosa) programa hace cosas raras, como el no querer sintetizar.
Sin embargo todo se arregla si ponemos: H:\Perico_el_de_los_palotes\proyecto , en fin no sé si esto será generalizado y si os habrá pasado, pero maldita la gracia que hace el perder tiempo por estas chorradas.