Hola, si después de implementar una CPU en una FPGA ( soft core) quieres hacer algo util, necesitas un entorno de compilacion ( con lenguaje C como minimo) adecuado para el core/cpu que hayas implementado.
En opencores.org existen varios ejemplos de SoC (System on Chip) con entornos de programacion C o "toolchains" basadas en gcc. Si estás trabajando con Altera puedes usar los cores NiosII que vienen con Quartus con un entorno de desarrollo basado en eclipse ( en el foro hay ejemplos de uso), si no te gusta NiosII, tienes implementaciones de ARMs, 8051, Z80,Openrisc, etc que te puede servir. Yo ahora estoy jugando con un core llamado ZPU ( ZUPino es un ejemplo de uso).