Eso quiere decir que no estan conectados... es decir no hay un caminito entre un pin y el otro como esta en el esquema.
El Auto-Placer va a acomodar los componentes, el Auto-router va a intentar generar los caminitos, pero si no se logra conectar como el esquema esta te va a decir que hay un problema.
Solucion, jamas uses el Auto-Placer, acomoda los componentes vos. Y el Auto-router depende , si lo acomodaste bien te los va a generar como vos queres y luego modificas un poco los caminos como deseas que queden.
Intenta unirlos con unos caminos a esos 2 o 3 componentes que pones solos en la board , si desaparece es eso.
Pero eso lo queres ver recien cuando creas todos los caminitos por si falto alguno.
