Cuando decis que no es con un micro en particular lo que creo que te referis es donde encontrar la documentacion que hable sobre el periferico, para que aprendas a buscarlo por vos solo.
Como creo que sabes ARM es solamente el nucleo, y lo demas perifericos lo proporciona los fabricantes del microcontrolador, sea ST, TI, ATMEL.
Cada uno posee una forma de dar a conocer cada modulo.
Algunos deciden hacer un archivo por cada modulo y que hace de referencia a toda una familia de microcontroladores.
Otros prefieren hacer un resumen que es el "datasheet" y luego explicar todo en el "reference manual"
Y otros en el datasheet ponen TODO, es decir un solo PDF y explica todo.
Microchip en sus PIC16/PIC18 tiene un solo archivo para cada micro y explica cada modulo adentro. Pero en dsPIC/PIC24, PIC32 decidieron ir por 1 PDF por cada modulo, la cual abarcan a toda la familia.
ST tiene la forma de datasheet y reference manual, asi que para un vistazo rapido irias por el datasheet, si quisieras saber el como y los registros involucrados irias al reference manual.
TI posee tiene para sus TIVA y Stellaris un PDF con todo.
Por lo que veo en el datasheet de este micro prefieren ponerlo todo junto en un datasheet. Te explico lo anterior porque son las distintas posibilidades que te vas a encontrar.
Entonces, mirando el Arduino Due te encontras que usa el microcontrolador de la familia usa este datasheet:
http://www.atmel.com/Images/Atmel-11057-32-bit-Cortex-M3-Microcontroller-SAM3X-SAM3A_Datasheet.pdfLo feo que el indice esta BIEN abajo, en ves de al comienzo. (Pag. 1451)
Ahi nos da 2 tipos de timer:
Real-time Timer (RTT) Pag. 234
Timer Counter (TC) Pag. 856
Comienza explicando que hace, como lo hace, que hace cada cosa del diagrama de funcionamiento que te da, y luego te da el nombre y ubicacion de los registros que involucran al timer.
Finalmente tenes que bits componenen cada uno de los registros y que funcion poseen.
Para el caso de los TimerCounter, son muy generales, en realidad sirven para muchas cosas, no solo contar pulsos de reloj. Asi que se puede poner un poco complicado. Pero podes obviar partes, es decir podes obviar la parte de Waveform (Forma de onda) si es que no te interesa. en la Pag.859 tenes todos los registros y luego la explicacion de cada uno.