Hola, recién veo tu post y creo te puedo ayudar con lo siguiente:
Tienes que cargar el .hex en Proteus y el arduino lo genera, pero en una carpeta temporal. Para saber donde buscarlo, primero tienes que abrir el IDE de arduino; En el menú "Archivo" seleccionas "Preferencias" y en la pestaña de "Ajustes" marcas la casilla "Compilación", en el renglón de "Mostrar salida detallada mientras:". Das OK. Y ahora sí, al compilar tu sketch, verás que te aparecen mensajes de la compilación en la ventana inferior, justo donde te indica si la compilación se generó con éxito o tiene error. Si buscas renglones arriba, verás que se indica donde se generó tu archivo .hex, normalmente dentro de una carpeta temporal, si al buscarla no te aparece alguna de las carpetas indicadas es porque están ocultas y tendrás que cambiar las Opciones de carpeta y búsqueda en la carpeta superior a la que no encuentras. Sugerencia; si te corrió bien la compilación, copia el archivo .hex justo donde tienes tu proyecto de Proteus, ya que las carpetas temporales son borradas por el sistema cuando requiere espacio.
Espero te sirva, Saludos.