El problema de no saber por donde comenzar es por que nunca te planteaste en pensar como o que tiene que hacer el helicoptero, y segun cada cosa que deba hacer realizar el codigo para ello.
Siguiendo tu idea lo unico que dice es:
Quiero reralizar una simulacion de un helicoptero de dos helises con un 16f628
Asi nomas como esta planteado uno pensaria que solo tenes 2 modos de funcionamiento, motores parados o motores a toda marcha. Lo cual es muy simple de realizar, simplemente deberias cortar el suministro o no de los motores. Si es que son motores de DC. Programar esto es demasiado sencillo, pregunto si un boton o llave esta en 1 y activo 2 salidas ( 1 para cada motor ). O maximo 2 botones, 1 para cada salida. Esta es tu idea base.
Ahora podes ir complicandolo poco a poco, ejemplo quisiera que la velocidad de los motores sean ajustables, y ademas usar motores brushless para no tener escobillas, entonces ya ahi lo mas seguro es que busques un motor brushless mas un ESC ( control de velocidad ) que se venden para aeromodelismo, lo controlarias con un PWM a la velocidad de cada motor.
Genial ahora podemos controlar la velocidad de los motores, pero aun asi sale hacia cualquier lado, no tiene ningun control, queres que posea estabilidad, es entonces que vas a tener que buscar sobre giroscopios/acelerometros, en el foro de UAV elgarbe puso algunos temas sobre eso, pero para alguien que recien dice comenzar pienso que es demasiado. Pero cuando uno tiene ganas no hay quien te detenga.
Tambien podemos hacerlo inalambrico, hasta ahora pensaba tener un control por cables. Y eso tambien requiere su trabajo.
¿Ves? Poco a poco lo vas complicando, vas agregandole cosas que debe hacer el helicoptero y tenes que buscar que existe y que tenes para que cumpla el objetivo propuesto.
Imaginandome un poco, lo unico que pienso es un motor de DC, a lo mejor un brushless. Por lo cual lo mas seguro es que uses algun ESC ya realizado ( controlador de velocidad )