Gracias por las respuestas!
No puedo activar el fuse de protección de datos porque sí que hay que escribir en la eeprom en otra fase del proceso, aunque donde he detectado el problema no se escribe nada.
En cuanto al ruido es mínimo ya que se trata de un circuito alimentado a batería y con abundantes condensadores de desacoplo.
Lo más llamativo es que los datos "dañados" son únicamente los que leo desde el programa, al grabar el micro escribo casi toda la eeprom con los valores de los parámetros y el resto lo relleno con ceros. Pues cuando aparece un micro corrupto los únicos datos que se han borrado son los parámetros que leo, por supuesto no se borran todos, sólo uno y no siempre el mismo. Lo que también pasa, pero no sé si será casualidad, es que los datos que se borran están en direcciones relativas acabadas en 0 (00,10,20, etc) También escribo datos en las posiciones 04,14,24, etc y en las 08,18,28,etc y en esas posiciones nunca (hasta ahora) ha aparecido el problema.
La verdad es que me tiene totalmente desconcertado.