El tema del EMI que mencionas es relativamente tan complejo que no sabría como abordar en una pregunta aparentemente sencilla pero compleja y larga de contestar al menos para mí por mi reducida capacidad de redacción, así que trataré aunque me deje muchísimos temas de por medio al menos de contarte un poco por encima para que tengas ciertas ideas, volviendo al tema no solo esa regla debes cumplirla sino que además de ello debes tener en cuenta varios factores que afectan a esa regla.
Viendo por encima lo que comentas si tienes totalmente la capa BOT vacía con GND y la capa TOP llena de señales pongamos un ejemplo de un circuito que debas hacer una pista señal en forma de C para sortear otras pistas de señales que se encuentren en medio de nuestro camino desde el punto A hasta el punto B.
Lo primero que analizamos es el retorno de las corrientes, dividimos altas frecuencias y bajas frecuencias, en alta frecuencia irá justo por debajo de nuestra pista de señal(recordemos plano entero de BOT vacio sin ninguna pista y todo GND) por que buscará el camino que menos Inductancia tenga peeeero… en bajas frecuencias el retorno de la corriente ira por donde menos resistencia encuentre, es decir desde A hasta B en línea recta en vez de justo por debajo de la pista de señal por la capa BOT como nos pasaba en altas frecuencias a lo que inocentemente sin darnos cuenta hemos creado un bucle en baja frecuencia sirviéndome esto de ejemplo para Nocturno donde en un circuito de baja frecuencia podemos haber creado un problema.
En respuesta simple para tu pregunta isfan, haz las pistas lo más directas y cortas posibles, no te de miedo rutear la cara BOT para hacer pequeños puentes si ello te permite no dar una vuelta enorme dejándola lo mas vacía posible la capa BOT, donde hayas puesto una pista de 2cm de largo en la cara BOT impedirás las corrientes de retorno en baja frecuencia que debían pasar por ahí, para solucionarlo debes usar vías conectadas con el plano de tierra GND en BOT y TOP, haz plano de GND también en TOP para las zonas en donde no haya pistas pero conecta vías mutuamente entre ellos para hacerlo lo más uniforme y equipotencial posible y que todo el plano de masa de TOP tenga la misma diferencia de potencial entre todos los puntos de GND de la PCB.
Lo mas importante de todo es distribuir lo mejor posible todas las áreas de tu PCB, te pondré un ejemplo sencillo con la finalidad de que puedas coger el concepto y te sirva de ayuda por lo menso sabiendo que se encuentran estos problemas, tenemos PCB dividida en 4 secciones de izquierda a derecha:
Alimentación, uchip, sistemas analógicos, sistemas digitales.
En esta distribución nos encontramos el problema de que si queremos leer un dato de la parte digital, zona en la que habitualmente hay mucho ruido, estamos pasando por la zona analógica metiéndonos ruidos en nuestros ADCs y dándonos señales erróneas, además de que la alimentación de la zona digital, pasando primero por las otras 2 zonas me puedo imaginar que llegue de todo menos un voltaje de alimentación limpio.
Una distribución que mejoraría esto sería poner la alimentación en la parte superior, la zona analógica en la parte izquierda abajo, el uchip en el medio(bajo la alimentación) y la zona digital a la derecha sacando 2 alimentaciones diferentes para ambos lados de la placa.
He intentado enumerarte varios problemas porque te sirvan de guía para poder buscar fotos, esquemas y sepas o puedas imaginarte algo mejor como hacer tu PCB en dos capas, mi recomendación es que busques placas ya hechas que te puedan servir de ejemplo además de buscar estos temas que rápidamente he intentado tratarte dejando a parte detalles importantes pero a la vez intentando dejarte una base o esa es mi intención por donde poder tirar.
Un Saludo!