Hola, medir la corriente de fases con multímetro puede ser engañoso. Ya que éstos se diseñan para medir corrientes senoidales, y no las del tipo cuadrada llena de espureos con armónicos.
Controlar un motor, no sólo consta de rotar fases para lograr que gire, sino también monitorear la corriente para evitar la saturación del núcleo.
Ahora pregunto, cuándo detienes el motor, dejas el último campo de la secuencia alimentado? Si es así, es un gravísimo error.
En ese caso, hay dos opciones, o se deja en rueda libre, es decir sin alimentación en ningún campo.
O bien se controla por PWM, el último campo o bien el par de campos correspondiente, según se alimente por pasos o mediopasos. Pero repito, siempre hay que monitorear la corriente.
Utiliza una resistencia SHUNT o un sensor HALL, para monitorear dicha corriente del común, e implementar en el programa ese dato.