La simulación en el MAXPLUS 2 se recomienda para verificar que el diseño es correcto y que no existe ningún error. Después de ello se puede proceder a programar el dispositivo y finalmente verificar su funcionamiento, o sea probar que el diseño funciona también en la situación más real, no sólo en el simulador.
Una vez que tengashecho el diseño en el lenguaje de descripción, lo compilas para depurar errores y sobretodo para producir el fichero con el que se puede "quemar" la GAL (suelen tener extensión .jed). Después, en el software tienes que buscar la opción que te de la selección de tu dispositivo, el que tengas que programar (necesitar un cable... un entrenador... supongo que todo esto lo tienes, verdad?). Seleccionas la GAL que vas a programar y la programas.
Es sencillo, ya verás.
Suerte! Nos cuentas, vale?