veamos amigo vincentdali, si no entiendo mal tienes un circuito que combina componentes through hole con componentes smd. pero, y perdona mi torpeza, no me queda muy claro que te sucede, de manera que pensando en todos los inconvenientes que tuve con el eagle doy por supuesto que posicionas los componentes through hole en la cara sin pistas y los smd en la otra (que por defecto en eagle será la cara top) el problema es que eagle también posiciona los componentes through hole en la cara top y si la mandas rutear lo hará sin problemas para un circuito como este, el problema será tuyo a la hora de soldar y/o de posicionar porque no te coincidirán
normalmente en un caso así lo más fácil es posicionar los smd en la cara top y hacer un 'mirrored' (palabro inventado por el amigo Nocturno jeje) con el resto de los componentes o de lo contrario puedes tener serios problemas para soldarlos (ponte que hubiera un relé en tu circuito).
también veo que los componentes smd están rodeados de un fino rectángulo que yo personalmente siempre elimino para evitar conexiones indeseadas. para ello en la herramienta 'display' deselecciono 'tKeepout'
estoy un poco espeso, en fin... espero que se entienda
saludos
