jeje bién, ojo no tengo el Eagle en esta máquina.
- tienes 2 ventanas: schematics (donde pegas los componentes) y el board (el circuito impreso , layouts)
- para acceder a ellos correctamente, clicas en el botón switch que está en el menú superior.
- la idea que se me ocurre , si quieres cambiar a smd, es que lo hagas desde el schematics, para ello debes quitar el componente en el board (aquí se toma solo el encapsulado).
- en cambio en el schematics, el eagle puede tomar el encapsulado que tu elijas, prueba cambiandolo allí y luegos clicas en swicht para que aparezca el board actualizado con el nuevo chip.