Creo que en los trucos de eagle alguien puso algo que podria solucionar tu problema.
Creas pads del tamaño que quieras y los colocas en la placa, luego los mueves al pin en cuestion. asi tendras un pad mas grande o de mayor diametro interno. Si pusieras el pad directamente sobre el pin eagle no te deja, pero poniendolo en otro lado y luego moviendolo si que se puede. Ya se que no es la mejor solucion, y menos si tienes unos cuantos integrados, pero realmente creo que no hay otra
Sino lo que puedes hacer es crearte tu propia libreria, con los componentes que mas usas, e incluir en ella los integrados que te interesa, pero modificados. de esta manera no perderas los cambios cuando instales una actualizacion de eagle, ya que si hiciste los cambios en la propia libreria, se sobreescribira con los archivos nuevos, y perderas las modificaciones.