Yo donde mas los uso es para la proteccion de los transistores que alimentan motores, reles o contactores. El circuito que uso casi siempre es, colector a bobina ( sea rele o motor ) emisor a masa, y el diodo, catodo a positivo y anodo a colector, que es lo mismo que decir en paralelo con la bobina y con el catodo a positivo.
En la guia de circuitos E/S tienes uno hecho por Aitopes, que te puede servir de guia.
Saludos