Acabo de solucionar el problema. Intente mover una vía y moví sin querer una de estas manchas azules rayadas y se eliminaron todas, hice crtl z, para confirmar el proceso; pero no paso nada. Solucioné sin saber cómo! Desconosco el momento en que se crearon.
Lo que había notado era que la ventana de error no me mostraba error cuando yo cruzaba dos líneas de la misma capa, el cual es un error muy grave. Tuve que repasar cuidadosamente todas las uniones buscando errores posibles.
En cuanto al tema del pólígono ya solucioné. Antes de crear el pólígono, selecciono Isolate: .032, luego trazo el polígono y aplico ratsnest.
Gracias por responder. Un saludo.