Hola, parece que volvemos a encontrarnos, jejej. Pues bueno, con el protel tambien es muy sencillo.
Cuando tengas el sch dibujado, te creas una pcb (los límites del pcb), creas unas dimensiones aproximadas (no te preocupes si es pequeña o grande, porque al final simpre podrás redimensionar el pcb como tú quieras). Una vez creados los límites del pcb, te colocas en el esquematico (.sch) y en el menú Design, le das a "Update PCB ........." (tendrás que haber guardado previamente el pcb porque sino esta opción no es seleccionable), con esto pasaras todos los componentes y el esquema al pcb que previamente has creado y guardado. Seguidamente tendrás que colocarlos como desees para despues hacer el ruteo de las pistas (automatico o manual, como prefieras).
Te invito a que eches un vistazo al hilo de diseño con PCB:
http://miarroba.com/foros/ver.php?foroid=58560salen bastantes cuestiones sobre protel, que te pueden ayudar bastante. Tendrás que armarte de paciencia y usar el buscador, pero seguro que encuentras información.
Un saludo.