También puedes definir zonas a recortar, en la capa Dimension.
Tengo conectores USB y jacks de alimentación de montaje en superficie, con agujeros de fijación definidos en la capa Dimension, y han salido perfectamente recortados del PCB.
Al final, lo pongas en la capa que lo pongas, se trata de que el fabricante lo sepa, normalmente en las capas Milling y Dimension, todo lo que haya, será para recortar del pcb. Otros tipos de corte, en forma de cuña para panelizar, pueden ir en la capa Vscore, o incluso en la Milling si se le indica al fabricante.