Yo creo que no debe haber una incompatibilidad tan grande.
El estandar JTAG es simplemente un bus serie con niveles lógicos estandar.
Qué yo sepa no se utilizan tensiones elevadas para programación ni nada por el estilo.
El problema está en que toda la cadena de Hardware/Software debe ser compatible entre sí para conseguir que funcione:
1. Programa de ordenador (por ejemplo OpenOCD)
2. Bus de comunicaciones y Driver (por ejemplo USB)
3. Tarjeta JTAG (USB Blaster, arduino JTAG, etc)
4. Dispositivo (CPLD, FPGA, microcontrolador, etc)
Si me he saltado alguna, por favor completadlo.
Si una tarjeta JTAG (p.e. USB Blaster) se puede manejar con un programa (p.e. Quartus II) que sólo comunica con FPGAs Altera, entonces en principio no servirá para nada más.
Pero creo que si utilizas otro programa (por ejemplo OpenOCD) que sea capaz de manejar la USB Blaster y comunicar con CPLD Atmel, entonces se podrá usar esta tarjeta para Atmel.
¿Estoy equivocado?