Hola Juan no entiendo bien tu proyecto; con respecto a las interrupciones, si no es conveniente que una int. se ejecute
cuando estas dentro de otra int., debes deshabilitarla apenas entras en la primera(recuerda habilitarla antes de salir)
Si se esta ejecutando una interrupción y se da otra int. pasa a atender la segunda y cuando termina pasa a atender la primera
donde había quedado anteriormente.
por lo menos asi lo entiendo espero haber ayudado