Si pero ese es el caso para baterías de distinta capacidad, según tengo entendido no habría ningún problema en usar un pack de baterías donde todas son iguales en paralelo, en las tiendas se suelen vender así, un pack de más capacidad de 4.2V que lleva unas cuantas baterías iguales en paralelo.
Las baterías de litio son delicadas, si se utilizan mal pues pueden salir ardiendo, por eso prefiero dejar la parte de la batería lo más sencillo posible aunque para ello tenga que complicar la parte de los reguladores.
Gracias.
Las baterias de litio (las uso en aeromodelismo) vienen de fabrica con celdas en paralelo, el tema es que salgan de fabrica así, ya que vienen fabricadas practicamente con las mismas características (seleccionan celdas antes de armar el pack). Armar un nuevo pack con baterias en paralelo no se recomienda, como ya te han dicho. En el aeroclub he visto, no obstante, que muchos arman sus pack's con baterias sueltas puestas en paralelo, cuando les pregunte me dijero que lo hacian solo con marcas buenas de baterías, de las cuales suponen que las características son muy similares. Las usan sin ningun problema y estan muy exigidas.
Me parece que la alternativa de poner una bateria con celdas en serie y hacer reductores de tension es la mejor solucion y quizás el ahorro en simplicidad de los DC-DC reductores (MC34063 es el caballito de batalla) despues lo podes invertir en un circuito de carga y balanceo del pack.
Ojo que el balanceador lo podes hacer con, por ejemplo, 3 cargadores de 1 celda independientes....
Saludos!