Yo prefiero usar este circuito colocando la resistencia de pull-up directamente al interruptor, y ambas resistencias pueden ser del orden de K.
El pin del micro está en alta impedancia, por lo que no hay forma de dañarlo. Esa resistencia adicional a la de pull-up tiene dos propósitos, evitar dañar el micro cuando la entrada se configura por error como salida y se deja pulsado el pulsador con la salida a 1 (aún así tardaría en calentarse y romperse) y limitar la descarga del condensador, evitar que haya una di/dt muy alta cuando se descarga el condensador lo que puede originar ruido en otras pistas cercanas. Según lo tienes funciona igual nada más que la resistencia de protección ha de ser más pequeña.
Si se quita la alimentación el condensador se va a descargar a través de los diodos de protección del pin del microcontrolador, supongo que lleva dos diodos de clamp y estos aguantan una corriente muy pequeña, si el condensador es muy grande quizás si se puedan dañar esos diodos de protección. Puede que sea necesario añadir una R en serie con el pin, al esquema que he puesto yo también.
