Hola jzed15, más allá de que no posteas los valores de los componentes usados, lo cual es muy importante a la hora de tratar de entender un circuito, y tampoco posteas el circuito entero, lo cual también es muy importante, ni tampoco los tiempos de disparo de los mosfet, pues tratare de ayudarte igualmente con los datos que poseo.
Primeramente, la frecuencia de 40 KHz es muy alta, lo cual produce en los mosfet muchas pérdidas por conmutación, o sea, cuanto más baja esta frecuencia, menores pérdidas y menor calentamiento de los mosfet. (recomendaría frecuencias menores a los 10 KHz)
Segundo, este tipo de circuito no lleva una red snubber. En paralelo a los mosfet lleva los diodos en anti paralelo, y en paralelo al motor deberías de usar una red RC, formada por una resistencia de 10 ohms 1W en serie con un capacitor de 22nF y 200V de poliester, como la potencia de tu motor es importante, es posible que debas de usar dos RC en paralelo al motor. Y nada más que esto.
Tercer punto, los tiempos de conmutación de los mosfet. A los tiempos de los mosfet debes de separarlos por un tiempo muerto (death time), en el que ambas señales se encuentran en OFF, ya que a los mosfet (como a cualquier componentes) les lleva determinado tiempo en pasar de un estado al otro, y si no colocas ese tiempo en la señal de control, pues existe la posibilidad de que un mosfet entre en conducción antes de que el otro termine de "apagarse" y esto incrementa la corriente circulante y por lo tanto la potencia disipada por los mosfet en cuestión. Y hasta puede estropearlos.
Espero te sea de ayuda.
Un saludo.
Atte. CARLOS.