Hola planeta9999, pues normalmente se poner verticales, tales como en la primer imagen, y por varios motivos.
1) Se supone que el plano de tierra en la capa superior (top) de un PCB de más de una capa es GND, o sea que el mayor porcentaje de esta capa superior es GND por lo que su resistividad es muy inferior al resto de las pistas que circulan por esa capa, por esto, si tenemos que dejar una pista un poco más larga que la otra (positivo y negativo) siempre decantamos por el GND que posee menor resistencia y tratamos de hacer la pista positiva los más corta posible entre integrado y condensador. Igual, ya toda la capa superior es plano GND, por lo que si conectas el negativo un poco más lejos o cerca no hay mucha diferencia
2) Los condensadores de la primer imagen ocupan mucha menor periferia de integrado. Verás que en ambas imágenes, que con una puedes disponer de hasta 6 condensadores en el ancho de un lado del IC y en la otra solo caben los 3. Si no son condensadores lo mismo pueden ser pistas.
3) Si tal como indica el item 2, no ocupas tanta periferia del IC, la misma será usada por el plano de masa (GND), por lo que el ID conseguirá una pista de masa más corta y más robusta, lo que supondrá un caíada de tensión menor en la misma y referencias más exactas. Aparte de al estar más próximo el plano de masa, mejorarías el "apantallado" del propio IC, o caso contrario, menor emisiones de EMI.
Entre otras, estas son las más notorias y probablemente las que más afecten nuestro trabajo.
Un saludo.
Atte. CARLOS.