Que tal ECdl24,
Creo que pudieras usar tu circuito original simplemente agregando un diode de rodada libre (freewheeling diode). Este diodo obviamente se encuentra internamente dentro del MOSFET en el LOW SIDE, pero puedes quitarlo y agregar un MUR420. De esa forma te ahorras el costo del transistor, las resistencias y el diodo UF4007. Como bien te explicó Picuino, el daño proviene por el voltaje negativo que se genera por el motor al momento de apagarlo y ese voltaje puede ser tan grande como diez veces el voltaje de operación. Según el datasheet de tu motor, este motor opera a 12V, por lo tanto el voltaje negativo que se genera al apagar el motor pudiera ser de hasta 120V (o más). Entonces ese pico negativo de voltage es inyectado al pin VS del IR2110 lo cual hace que se dañe. De ahí la necesidad de usar el diodo de rodada libre o freewheeling diode. El MUR420 haría un buen trabajo ya que este soporta 4A de forma contínua y hasta 125A durante 8.3ms (que es medio ciclo en una frecuencia de 60Hz) y tiene un voltaje de operación de 200V. Creo que este sería suficiente, pero no tengo mucha experiencia con esto. Puede intentar y compartir tus resultados.
Saludos,
elreypic.