Hola:
Proteus es una herrameinta que simulara el funcionamiento del AVR, es decir casi como en la realidad lo que deberia hacer segun tu programa, el AVRstudio me imagino que debe ser el compilador, es decir en donde escribes tu codigo y luego compilas para crear el archivo .hex que es eel que sirve para que funcione el AVR, dicho archivo es el que le debes cargar al AVR en la simulacion, das click izquierdo para señalar el dispositivo y luego click derecho y te aparecera una ventana de propiedades, en esas opciones elige la frecuencia a la que trabajara el AVR y la ruta en donde esta el .Hex, esta ruta no debe ser muy extensa, ya que si lo es te dara errores y no simulara.
