Los valores se mantienen entre simulaciones. Incluso cerrando el Proteus (previo salvado del proyecto) te los mantiene.
Si en propiedades avanzadas del micro especificás el nombre de un archivo:
Ej: Advanced Properties->Initial contents of EEPROM = ..\eeprom.bin
Y clickeás Debug->Reset Persistent Model Data , cuando inicies la simulación te va a cargar en la eeprom el contenido del archivo, caso contrario mantendrá los valores de la última ejecución.
El archivo con el contenido inicial no tienen ningún formato, es la imagen pura, por lo que necesitás un editor que contemple hexadecimal (como el UltraEdit)
Saludos.